Comme la plupart des langages, la structure de MOT se compose d’un alphabet, d’une grammaire et d’une sémantique. L’alphabet est constitué de symboles, d’icônes ou de la représentation de base du langage (ce que l'on appel parfois les primitives du langage). Par exemple, en langue française, l’alphabet se compose de caractères regroupés en voyelles et en consonnes. La grammaire, quant à elle, sert à définir les règles d’utilisation des symboles. L’application des règles est indépendante du sens que représentent les symboles. La sémantique est la définition du sens qui est donné aux symboles. Par exemple, dans la figure 1, deux symboles sont utilisés soit le rectangle représentant un concept et la flèche traversée d’un « C » qui indique un lien de composition. La règle de grammaire utilisée ici s’énonce comme suit : « un lien de composition qui a comme origine un concept relie à sa destination un autre concept ». La sémantique associée à cette règle est : un concept A est composé d’un concept B. Par exemple, dans la figure 1 on peu lire : « le concept langage se compose des concepts : Alphabet, Grammaire et Sémantique ».

Figure 1: Structure générale d'un langage